南京古生物博物馆常规展览以“演变中的地球，进化中的生命”为主题，展示了地球38亿年的生命史，从单细胞生物到人类出现。主要内容包括了序厅、恐龙世界、上山之路、生命与化石、早期生命、无脊椎动物大发展、生物登陆、生命悲歌——大灭绝、爬行盛世、鸟类起源、哺乳为王、人类起源与演化等展区。